Hệ điều hành iOS 5.1 là điểm sáng nổi bật của iPhone 3GS 8 GB phiên bản 2012. Hệ điều hành này cho phép người dùng có được trải nghiệm mới và nhiều tiện ích hơn với các ứng dụng trên iPhone.
Theo đó các thông báo (notification), tất cả từ SMS, cuộc gọi nhỡ, cuộc gọi thoại và các thông báo mới của ứng dụng, đều được hiển thị ngay trên đầu màn hình để không làm gián đoạn quá trình sử dụng điện thoại.
Hay như đối với camera, qua iOS 5.1, biểu tượng camera ngay trên màn hình đã khóa, phím tăng âm lượng (volume up) được dùng để chụp ảnh, các thao tác phóng to ảnh, cài đặt, chỉnh sửa ảnh đều có thể thực hiện ngay trên điện thoại thay vì máy vi tính.
Đồng thời, iOS 5.1cập nhật phiên bản Genius Mixes và Genius Playlist mới giúp việc đăng ký iTunes Match, lướt nhạc, phim và chương trình truyền hình mới thuận tiện hơn. Photo Stream cho phép xóa nhanh (trước đây kho ảnh phải có hơn 1.000 bức mới có thể xóa). Một cải tiến quan trọng của iOS 5.1 nữa là cải thiện đáng kể thời lượng pin. Các ứng dụng khác như mail, chơi game, trình duyệt web, kết nối, notes, đọc tin tức… với trình duyệt mới này cũng trở nên tiện lợi hơn nhiều.
